系统分析被运用于经济与技术、生物学与医学、历史学与语文学、政治与军事。它被用于理论研究与应用研究，用于新技术样品的选择、投资方案的选择等等。为把材料讲得更清楚，我们先把与系统分析有关的问题提出来。这些问题是按它们在系统分析实际工作中出现的样子提出的。
众所周知，给一个概念下定义，就是在限定它、收窄它、使它变得贫乏。尽管如此，仍可以把若干可能定义中的一个作为工作工具、作为主要定义来使用，从中划出该现象区别于其他现象的某些本质特征。
系统分析是这样一种研究方法论：它通过把对象表示为目标导向的系统、研究这些系统的属性以及目标与实现手段之间的相互关系，来研究对象中那些难以观察、难以理解的属性与关系。
它适用于这样的课题提法：解决课题所必需的关于对象的信息，无法通过直接观察该对象获得。这时对象就被看作某一系统的子系统，被看作与其他系统相互作用的一组子系统。这一定义应当视为工作性定义，它使人能够把系统分析方法与其他研究方法区分开来，并把它归入确定的科学知识领域。
在众多研究与分析方法中，绝大多数都以顾及对象的性质与特点、直接观察对象为取向。这时总是预设：所研究的对象可以划分出来、可以同周围环境划清界限，可以直接或借助仪器加以观察。与它们不同，以系统论为基础的系统分析方法，计入了所研究对象原则上的复杂性、它与周围世界分支繁多而牢固的相互联系、以及它一系列属性的不可观察性。
因此，研究者从实际现象出发、从已有的关于其属性及其与周围世界联系的事实数据出发，进而把它们转译为系统论的抽象范畴，并在系统已知属性的基础上揭示出新的属性与新的相互联系。在大多数研究方法中，对象是被精确确定的。而系统研究通常把确定对象、找到或构造对象本身作为重要阶段之一。几乎所有研究方法都从事先明确表述的课题出发。系统分析则要解决这样的问题：如何正确地提出课题，使用哪些研究方法。
系统分析中最主要的是：如何把复杂的变成简单的，如何把不仅难以解决、而且难以理解的问题，变成一系列界限清晰、有解法可循的课题。
系统分析永远是具体的。它面对的是确定的国民经济对象（哪怕起初界定得并不清晰），是具体的国民经济问题（哪怕起初表述得并不明确）。
系统分析绝不与其他分析问题和作出决策的方法相对立。新的东西在于：把此前在科学与技术中解决个别局部问题时零散使用的一系列相互关联的概念、方法与手法，综合到统一的方法论之中。进而，这套系统概念与方法被推广到全新的活动领域，到此前并不使用这些概念的领域——规划与管理领域。
系统方法在分析复杂问题时的力量在于：一方面它能把过于复杂而难以解决的问题分解为各个组成部分，直到提出具体的、有成熟解法的课题；另一方面又能把它们作为统一的整体保持在一起。
正如苏联研究者尼卡诺罗夫极为准确地表述的那样，系统分析使人能够把解决问题的过程表现为构造、制造并使用系统的过程。
系统分析中本质的东西是什么、它把注意力集中在什么上，美国研究者奎德表述得极为准确：“系统分析是审视问题的一种方式。其中数学工具和计算机的运用可能是必需的、甚至是有益的，但也可能并非如此。有时对问题作认真的思索就已足够。但在任何与不确定条件下决策准备相关的分析中，无论其复杂程度如何，都存在一些确定的要素。这些要素是：目标或若干目标；备选方案，即达成这些目标的手段；耗费，即为实现每一备选方案所必须付出的一切；模型，即对各备选方案与它们所完成的事情及其代价之间依赖关系的描述；以及据以选出优先备选方案的准则——凡是以影响行动方针选择为目标的分析，都包含这些要素。”
十分明显，系统分析这样一套复杂的、专门研制出来的、相当笨重的科学工具，只值得用于解决足够复杂的重大问题，即那些牵涉许多人的活动、牵涉巨大物质耗费和其他耗费的问题。
很难为问题确立某种分类，以便准确说出在哪里可以、在哪里不可以运用系统工具。问题的产生途径按需求与可能性而有所不同。第一种情形较为简单：现有的资源或工作方法、某些商品不再让人满意，需要改变现状。
系统分析用于出现了非常复杂的问题的场合。第二种情形原则上更为复杂：出现了新的可能性，例如太空飞行、热核能的利用。在每一种情形下，这类可能性的发展都与在国民经济中创建整个新部门相关。这时运用系统分析不仅有益，而且完全必要，因为在这里还需要把具有复杂性质的问题本身表述出来——新可能性的实现会影响到人类活动、社会生活与国家生活的方方面面。还可以指出更为复杂的情形，即新的可能性到处产生、几乎每时每刻都在产生：例如，实验化学一年合成多达三十万种性质各异的新化合物，它们可以被用于许多、甚至所有生产部门。
可以有条件地把人的活动分为两个领域：例行活动领域，即经常性的、日常解决的课题；以及解决新的、首次出现的课题的领域。在前一个领域中，解决课题的方式通常已经成熟，看不出有运用系统分析的土壤，尽管例行事务的存在本身在某些情况下就构成问题。例如，数以百万计的经济管理机构人员本身就给管理造成困难、产生问题；管理机关人员数量不断增加的趋势构成很大的问题。但在与解决新的、前所未知课题相关的人类活动领域（例如在长期规划、科学、设计研制中），系统分析方法几乎处处适用，而在某些情况下没有它们就无法进行。
在系统分析方法中，还习惯于按问题的结构化程度来加以区分，即按其提法的清晰程度、被意识到的程度；按对其组成部分及相互联系认识的详尽与具体程度；最后，按问题提法中所显现的定量因素与定性因素的比例。据此划分出三类问题：良好结构化并已定量表述的问题；弱结构化的、或者说混合问题，它们既包含定量评价也包含定性评价；无结构的、或者说定性问题。
对第一类问题不需要系统分析方法，因为解决它们已有发达而强大的数学建模工具和严格的定量解法。系统分析方法的主要应用领域被认为是第二类问题——弱结构化的、定量与定性评价混合的问题。人们认为，无结构问题不能用系统分析方法解决，解决它们要采用所谓的启发式方法。当然，在这三类问题之间很难划出什么清晰的界限，但事情的实质在别处。
系统分析方法恰恰就是把问题结构化、条理化的方法。运用系统分析，是为了先把无结构的、模糊界定的问题哪怕弱结构化一下，然后再收集关于它的新的补充信息，确立各组成部分之间的相互联系，在一切可能之处给出定量评价（哪怕是主观的、专家的评价），并把问题转入结构化问题之列——对后者已经可以运用数学建模与最优决策选取的工具。
在一系列情况下，人们试图通过系统分析得到优先运用的那些人类活动领域来给它下定义，把它界定为解决研究性、军事、政治、经济问题的方法论。
系统分析成功的第一个条件，是把它用在确实需要它的地方。系统研究的性质本身——它针对复杂对象上的复杂问题——要求有高水平的知识，要求在分析的某一阶段吸收高资质的专家参与。然而系统分析成为时髦，促使众多科研人员、研究生甚至毕业班学生投身其中。自然，这时选取的是“力所能及”且完全可以纵览的对象，或者是某种可以对之施加任何操作的假想模型，再或者就是成本、劳动生产率、产品质量之类的局部问题。如果委托方组织的领导或研究者本人对系统研究态度不认真，就不可能有成功的系统研究。
应当把三个要素的具备视为系统分析成功的条件：1）明确理解的需求、目标或用途；2）思想的来源，即所积累的信息、经验和对研究对象的认识；3）资源，即有经验的专家，以及设备、材料与资金。
系统分析本身就是保证这三个要素都具备的工具：查明并细化目标、相应的信息、资源，并把它们与目标衔接起来。因此，系统分析专家应当知道自己工作成功的条件，并且只有在这些条件得到满足时才着手工作。