系统分析方法是在这样的情形下制定并加以运用的：决策者在初始阶段并没有关于问题情境的足够信息，无法据此选择形式化表示的方法，无法建立数学模型，也无法采用某种把定性与定量手段结合起来的新建模途径。
在这种情形下，可以采取的办法是：把对象表示为系统；组织由各知识领域专家参与的集体决策过程；使用不同的形式化建模方法和激发专家直觉的方法；并随着对对象或情境认识的深入而更换方法。
要组织这样的过程，就需要确定各阶段的次序，为每个阶段推荐相应的方法，并在必要时预留返回前一阶段的可能。这样一套按一定方式划分并排序的阶段，连同为其推荐的方法与手段，就构成了系统分析方法的结构。
分析各家系统分析方法可以看到，所有方法都以这样或那样的形式包含以下阶段：
- 发现问题并确立目标；
- 拟定各种方案和决策模型；
- 评价备选方案、寻找解决办法并加以实施；
- 评价决策的成效及其实施的后果；
- 为达成目标而进行组织设计。