用系统分析方法所解决的课题种类繁多、且本质上不受限制，在这种情况下很难指望能形成一套适用于一切场合的统一工具。研究从直觉的、表述相当松散的问题提法，推进到借助严格数学方法选取最优解，在不同阶段自然会用到分支繁多的科学工具。因此，看来先确立系统分析各阶段的原则性顺序是合适的。
对各家方法的分析可以得出这样的结论：无论出于何种目标、在何种对象上进行系统分析，其实施顺序都存在原则上的一致性。尽管如此，我们认为在这里采取折中调和的做法并不够妥当，因而提出一种新的系统分析阶段划分方案。它按照研究阶段的逻辑顺序原则，把各种分类中的全部主要阶段都计入其中，并与作为系统分析基础的系统论基本原理相衔接。所提出的阶段划分是否适用、是否便利，已在各主要管理层级上的一系列系统研究中得到检验。
系统分析阶段与工作的原则性顺序
- 问题分析。
- 系统的确定。
- 系统结构分析。
- 系统总目标与准则的表述。
- 目标分解：查明对资源与过程的需求。
- 查明资源与过程，目标的合成。
- 未来条件的预测与分析。
- 目标与手段的评价。
- 方案的筛选。
- 现有系统的诊断。
- 综合发展纲要的制定。
- 为达成目标而进行组织设计。
各阶段说明
阶段 1. 问题分析
- 问题是否存在？
- 问题的准确表述。
- 问题逻辑结构的分析。
- 问题在过去与未来的演变。
- 问题与其他问题的外部联系。
- 问题原则上的可解性
问题是否存在，这一点具有头等意义，因为把巨大的力气投到解决并不存在的问题上，绝非个别现象，而是相当典型的情形。正确而准确地表述问题，是任何系统研究的第一个、也是必要的阶段。众所周知，成功地把问题表述出来，可以抵得上问题解决的一半。
阶段 2. 系统的确定
- 课题的细化
- 观察者立场的确定
- 对象的确定
- 要素的划分（确定系统划分的边界）
- 子系统的确定
- 环境的确定
要构建系统，就必须把问题分解为一组表述明确的课题。这时，如果是大系统，各课题会构成层级结构；如果是复杂系统，则构成一个谱系，也就是说，对同一个对象将用不同的语言去解决完全不同的课题。观察者的立场原则上决定了解决问题的准则。确定对象只是乍看起来轻松，在某些情况下它构成研究中最大的难点。
阶段 3. 系统结构分析
- 层级层次的确定（在大系统中）
- 方面与语言的确定（在复杂系统中）
- 过程——功能的确定（在动态系统中）
- 管理过程与信息通道的确定与细化
- 子系统的细化
- 日常活动过程（例行的）与发展过程（目标性的）功能的细化
在划分子系统及其中实现的过程时如果任意为之，必然使系统研究归于失败。在技术系统中，至少在其物质部分，子系统结构是清晰可见的；而在经济管理系统中，一切结构关系不仅并不显然，而且被行政隶属关系深深掩盖。在解决经济管理的日常课题时，无论是客观上——从力量分配的数量比例来看，还是主观上——在机关工作人员的意识中，例行程序都遮蔽了发展的目标与过程。要把发展的目标与过程识别出来并与例行事务区分开，研究者不仅需要严密的逻辑思维，还要善于同管理人员建立必要的接触。
阶段 4. 系统总目标与准则的表述
- 上位系统的目标—要求的确定
- 环境的目标与限制的确定
- 总目标的表述
- 准则的确定
- 目标与准则按子系统的分解
- 由子系统准则合成总准则
表述组织的总目标，特别是构造系统的有效性准则，绝不可能通过民意调查的方式来完成；它是系统论概念框架内的一套复杂的逻辑程序，但同时又要求对所研究对象的经济与技术特点有精细的了解。
阶段 5. 目标分解：查明对资源与过程的需求
- 高层级目标的表述
- 日常过程目标的表述
- 成效目标的表述
- 发展目标的表述
- 外部目标与限制的表述
- 查明对资源与过程的需求
在大型而复杂的经济对象上（系统分析所面对的正是这类对象），系统的总目标与达成它的具体手段相距如此之远，以至于选取决策需要通过目标分解，做大量费力的工作把目标与实现手段衔接起来。这项重要而费力的工作通常是系统分析的中心环节。它催生了目标树方法——这是系统分析在工具层面即便不是唯一、也是最主要的成果。
阶段 6. 查明资源与过程，目标的合成
- 现有技术与生产能力的评价
- 资源现状的评价
- 在建项目与已列入计划项目的评价
- 与其他系统交互可能性的评价
- 社会因素的评价
- 目标的合成
在相当多的情况下，特别是当我们面对的是非生产性的、尤其是非经济的系统（卫生保健系统、国民教育系统以及其他一系列系统）时，用逻辑方法明确地表达出发展的目标与有效性准则是做不到的。研究者也无法采用从“人的自然需求”出发的分析路径，因为这些需求处在不断发展和变化之中。这时就不得不在一定程度上沿着传统路径走：从分析现状、已达到的水平出发，再作逐次的预测。
阶段 7. 未来条件的预测与分析
- 系统发展稳定趋势的分析
- 环境发展与变化的预测
- 对系统发展有强烈影响的新因素出现的预见
- 未来资源的分析
- 未来发展诸因素相互作用的综合分析
- 目标与准则可能发生位移的分析
系统分析面对的通常是发展的前景，有时还是相当长远的前景。因此，任何关于未来的信息都极具价值——关于未来的情境、资源，关于将从根本上改造经济系统及其中所进行过程的科技发现与发明，以及关于未来的社会价值体系，后者将对目标与准则之间比重的改变、在一系列情况下对其性质的转变产生实质影响。因此，预测、用任何科学方法获取关于未来的信息，是系统分析中最重要、也无疑是最困难的部分。
阶段 8. 目标与手段的评价
- 按准则计算评价值
- 目标相互依赖关系的评价
- 目标相对重要性的评价
- 资源稀缺程度与成本的评价
- 外部因素影响的评价
- 综合计算评价值的求取
有一系列社会的、政治的、道德的、伦理的以及其他因素，在系统分析中不能不加以考虑，因为它们有时对目标的表述、实现手段的选取以及资源评价具有决定性影响，而这些因素原则上无法定量计算。计入它们的唯一办法，就是获取专家、以及既通晓该问题又通晓与之相关的广泛问题的专业人员的主观评价。由于系统分析通常面对的是无结构或弱结构的、也就是缺少定量评价的问题，因此获取专家评价并加以处理，就成为大多数问题的系统分析中必不可少的阶段。
阶段 9. 方案的筛选
- 目标相容性分析
- 目标完备性检验
- 剪除多余的目标
- 达成各项目标的方案规划
- 方案的评价与比较
- 相互关联方案组合的整合
需求与满足需求的手段之间的不相称，构成了经济发展的规律和最重要的动因。既然目标概念与达成目标的手段概念不可分割，那么系统分析中决策的中心环节就是目标的削减——剪除那些被认定为无关紧要或没有手段可以达成的目标，并为一组相互关联的最重要目标选取具体的达成方案。
在“工程”类型且规模相对不大的系统研究中，“备选方案的筛选”被认为是系统分析中最重要、甚至唯一的课题。在经济管理课题中，削减目标树、选取相互关联的方案组合是一项重要课题，尤其是因为科技进步和环境条件的变化，为达成一组经济目标而产生了数量极其庞大的措施方案。这些措施必须纳入资源限制之内，因为国民经济有计划发展的规律，为各个国民经济子系统的资源分配划定了严格的框架。
阶段 10. 现有系统的诊断
- 技术过程与经济过程的建模
- 潜在能力与实际能力的计算
- 能力损失的分析
- 查明生产组织与管理中的缺陷
- 完善组织的各项措施的查明与分析
用系统分析方法解决的国民经济管理问题并非凭空产生，而是产生于现实存在的管理机构之中，通常是产生于它们相互关联的复合体之中。系统分析的课题多半不是创建新的管理机构，而是改进现有机构的工作，使其面向问题的解决。在这些情况下，就需要对管理机构作诊断性分析，查明它们在收集、加工信息和作出决策方面的能力、缺陷和瓶颈，以便消除这些缺陷并使系统有更好的方向感。
新系统只有在减轻管理机构工作负担、有助于解决迫切课题和达成近期目标的情况下，才能被有效地推行。因此，查明迫切的管理问题和近期目标，同样是对管理机构进行诊断性考察和分析的对象。这种考察需要对该管理机构及其协作单位、上级和下级组织的工作人员进行大规模问询，在此过程中获取并随后分析所需信息。这为制定切实可行的新设计系统推行组织计划提供了依据。
阶段 11. 综合发展纲要的制定
- 各项措施、项目与纲要的表述
- 目标及其达成措施先后次序的确定
- 活动范围的划分
- 职权范围的划分
- 在资源与时间限制框架内制定综合措施计划
- 落实到负责的组织、领导者与执行者
如前所述，系统分析的结果是在系统论概念框架内取得的，要转入措施的实际规划，就必须把它们译成经济范畴的语言。在解决包含科研、开发、投资与建设、部门与地区发展等计划在内的重大国民经济问题的系统分析课题之后，就形成了综合发展纲要。这些纲要在时间上加以分配，落实到不同的执行者，确立领导与协调的秩序，并建立起责任体系。
阶段 12. 为达成目标而进行组织设计
- 组织目标的确定
- 组织职能的表述
- 组织结构的设计
- 信息机制的设计
- 工作制度的设计
- 物质激励与精神激励机制的设计
在某些情况下，为实施这类综合纲要需要设立常设或临时的管理机构；在一系列情况下，系统分析的目标就是对某个管理机构进行重新设计。系统分析拥有一系列专门的方法与手法，用于设计面向目标的高效管理机构，也就是面向在国民经济中创建并运用某一确定系统这一目标。