Ang metodolohiya ng pagsusuri ng mga sistema ay binubuo at inilalapat sa mga kaso kung saan ang mga gumagawa ng pagpapasya, sa paunang yugto, ay walang sapat na impormasyon tungkol sa suliranin upang mapili ang isang paraan para sa pormal na representasyon nito, makabuo ng isang matematikal na modelo, o mag-apply ng isa sa mga bagong lapit sa pagmomodelo na pinagsasama ang mga kwalitatibo at kwantitatibong teknik.
Sa ganitong mga kaso, makatutulong na katawanin ang bagay bilang isang sistema, ayusin ang isang proseso ng kolektibong pagpapasya na may kasangkot na mga espesyalista mula sa iba’t ibang larangan ng kaalaman, gamitin ang iba’t ibang paraan ng pormal na pagmomodelo kasabay ng mga teknik para sa paghango ng intuwisyon ng eksperto, at lumipat ng mga paraan habang lumalalim ang pag-unawa sa bagay o sitwasyon.
Upang ayusin ang gayong proseso, dapat magtakda ng pagkakasunod-sunod ng mga yugto, magrekomenda ng mga paraan para sa pagsasagawa nito, at maglaan ng paraan para bumalik sa mga naunang yugto kung kailangan. Ang gayong pagkakasunod-sunod ng partikular na tinukoy at inayos na mga yugto, kasama ang inirerekomendang mga paraan at teknik para sa pagsasagawa nito, ay bumubuo sa istruktura ng isang metodolohiya ng pagsusuri ng mga sistema.
Sa pagsusuri ng iba’t ibang metodolohiya ng pagsusuri ng mga sistema, makikita na ang lahat ng ito, sa isang paraan o iba pa, ay may kasamang mga sumusunod na yugto:
- pagtukoy ng mga suliranin at pagtatakda ng mga layunin;
- pagbuo ng mga alternatibo at ng isang modelo sa pagpapasya;
- pagsusuri ng mga alternatibo, paghahanap ng solusyon, at ang pagpapatupad nito;
- pagtatasa ng bisa ng mga pagpapasya at ng mga kahihinatnan ng pagpapatupad nito;
- disenyo ng organisasyon upang makamit ang mga layunin.