Có thể nói rằng vận trù học sử dụng phương pháp khoa học để nghiên cứu và giải thích các hiện tượng gắn liền với các hệ thống chức năng, vì trong bộ môn này người ta nghiên cứu một phạm vi cụ thể các hiện tượng của thế giới thực. Các hệ thống như vậy thường bao gồm con người và các cơ chế hoạt động trong điều kiện thực tế, trong đó từ “cơ chế” được sử dụng theo một nghĩa đủ tổng quát để bao hàm mọi trường hợp — từ các thiết bị cơ khí thường được nhận biết theo tên gọi của chúng, cho đến các cấu trúc xã hội phức tạp vận hành theo những quy tắc đã được thiết lập.
Bộ môn khoa học được gọi là vận trù học quan sát các hiện tượng thực tế gắn liền với các hệ thống chức năng, xây dựng các lý thuyết (mà nhiều nhà nghiên cứu gọi là mô hình) nhằm giải thích các hiện tượng này, sử dụng các lý thuyết đó để mô tả điều gì sẽ xảy ra khi điều kiện thay đổi, và kiểm chứng các dự đoán thông qua các quan sát mới.
Như vậy, vận trù học là một khoa học, vì nó sử dụng phương pháp khoa học để thu nhận tri thức liên quan và khác với các khoa học khác ở đối tượng nghiên cứu của mình. Nó nghiên cứu các hiện tượng gắn liền với các hệ thống chức năng theo những cách mà hiếm khi được các khoa học khác đề cập đến.
Sự ra đời của vận trù học như một bộ môn khoa học bắt nguồn từ nhu cầu cấp thiết phải giải quyết các vấn đề thực tiễn quan trọng. Trong quá trình hình thành và phát triển của mình, các nhà khoa học tiến hành những nghiên cứu tương ứng không chỉ đặt nền móng cho một hướng khoa học mới, mà còn áp dụng các phát hiện của mình vào việc giải quyết các vấn đề thực tiễn. Trong thập kỷ thứ hai và thứ ba kể từ khi ra đời, các nhóm nghiên cứu vận trù học đã phát triển và trở nên đa dạng về lĩnh vực tập trung. Tuy nhiên, mối liên hệ chặt chẽ giữa khía cạnh nghiên cứu và khía cạnh thực tiễn trong công việc của họ vẫn là một đặc điểm đặc trưng của bộ môn này: thuật ngữ “vận trù học” nhấn mạnh chính xác tính không thể tách rời của hai khía cạnh đó. Như vậy, vận trù học bao hàm cả việc nghiên cứu khoa học về các hệ thống lẫn các dạng hoạt động kỹ thuật tương ứng nhằm triển khai vào thực tiễn kết quả của những nghiên cứu đó.
Tuy nhiên, các khía cạnh ứng dụng này của vận trù học không chỉ đơn thuần là việc áp dụng trực tiếp tri thức thu được nhờ sử dụng lý thuyết, mà còn đòi hỏi một yếu tố sáng tạo (định hướng công việc theo những hướng mong muốn), cũng như kỹ năng chuyên môn và kinh nghiệm thiết kế thực tiễn (nhằm hoàn thành các nhiệm vụ được yêu cầu hoặc giải quyết các vấn đề quan trọng). Bên cạnh đó, việc bảo đảm triển khai các kết quả vào thực tiễn cũng là điều quan trọng.